W regionie wodnym Górnej Wisły występują wszystkie formy ochrony przyrody,w tym obszary chronione o różnym statusie i wrażliwe na stosunki wodne, jak: parki narodowe, rezerwaty przyrody, parki krajobrazowe, obszary chronionego krajobrazu i użytki ekologiczne.

Na obszarze RZGW w Krakowie znajduje się 9 Parków Narodowych: Babiogórski, Gorczański, Pieniński, Tatrzański, Magurski, Bieszczadzki, Ojcowski, położone w całości na obszarze RZGW w Krakowie oraz położone w części: Świętokrzyski oraz Roztoczański. Zajmują powierzchnię ok. 880 km². co stanowi 1/2 powierzchni wszystkich PN w Polsce.

Liczne są parki krajobrazowe: Beskidu Śląskiego, Żywiecki, Beskidu Małego, Dolinki Krakowskie, Tenczyński, Dłubniański, Bielańsko-Tyniecki, Rudniański, Nadnidziański, Cisowsko-Orłowiński, Jeleniowski, Chęcińsko-Kielecki, Suchedniowsko-Oblęgorski, Szaniecki, Kozubowski, Ciężkowicko-Rożnowski, Wiśnicko-Lipnicki, Popradzki, Pasma Brzanki, Czarnorzecko-Strzyżowski, Jaśliski, Pogórza Przemyskiego, Gór Słonnych, Południoworoztoczański, Lasy Janowskie, Krasnobrodzki, Puszczy Solskiej, Ciśniańsko-Wetliński, Doliny Sanu - położone w całości lub w części obszaru RZGW w Krakowie, zajmujące powierzchnię ok. 6000 km².

Parki Krajobrazowe na terenie RZGW w Krakowie

Rezerwaty na terenie RZGW w Krakowie

Parki Narodowe na terenie RZGW w Krakowie

W regionie wodnym Górnej Wisły wyróżnia się w ramach obszarów Natura 2000: obszary specjalnej ochrony ptaków (OSO) oraz specjalne obszary ochrony siedlisk (SOO).
Rozporządzeniem z dnia 21 lipca 2004 r. w sprawie specjalnej ochrony ptaków Natura 2000 (Dz. U. Nr 229, poz. 2313 wraz z pózniejszymi zmianami  Minister Środowiska wyznaczył w regionie wodnym Górnej Wisły 19 obszarów specjalnej ochrony ptaków.

Obszary specjalnej ochrony ptaków na terenie RZGW w Krakowie

Jednocześnie w regionie wodnym Górnej Wisły zlokalizowano 60 obszarów mających znaczenie dla Wspólnoty (OZW) - zaakceptowane przez Parlament Europejski oraz 103 proponowanych obszarów mających znaczenie dla Wspólnoty (pOZW) przekazanych przez Ministra Środowiska do akceptacji.

Specjalne obszary ochrony siedlisk na terenie RZGW w Krakowie