W rzekach, potokach i zbiornikach wodnych obszaru RZGW w Krakowie występują czterdzieści cztery rodzime gatunki ryb i minogów. Są to m.in.: pstrąg potokowy, kleń, brzanka, leszcz, lipień, boleń, kiełb, okoń, jelec, płoć, sandacz, szczupak, karaś pospolity, strzebla potokowa, ukleja, lin, węgorz, sum, miętus, łosoś, troć wędrowna.

W wodach Wisły i jej dopływów występują rośliny pływające oraz podwodne. Dna rzek i potoków w ich górnych odcinkach pokrywają żwiry i kamienie, które często porastają glony.

Obszary wodno-błotne (bagna, błota i torfowiska) stanowią istotny składnik sieci hydrograficznej i zarazem obiegu wody. Są siedliskiem fauny i flory oraz miejscem zasilania zasobów wód podziemnych.

Lasy, dzięki dużej możliwości gromadzenia wody, kształtują w istotny sposób retencję wód, zwłaszcza w terenach górskich, narażonych na szybki spływ powierzchniowy. Na lasy przypada 32 % powierzchni ogólnej obszaru, przy czym rozłożenie siedlisk leśnych jest nierównomierne i zróżnicowane.