Zasoby wodne - wody powierzchniowe

Wpływ na kształtowanie zasobów wodnych, oprócz warunków klimatycznych, mają również parametry fizjograficzne poszczególnych zlewni (wielkość, kształt, średnia wysokość, średnie nachylenie, ekspozycja), budowa geologiczna i rzeźba terenu, szata roślinna oraz sposób użytkowania terenu.

Koryta rzek obszaru RZGW w Krakowie, niezależnie od wielkości, wykazują duże zróżnicowanie fizjograficzne i morfodynamiczne.

Źródła Wisły - głównej rzeki obszaru -  biorą swój początek w Beskidzie Śląskim, gdzie Biała i Czarna Wisełka odwadniają stoki Baraniej Góry, znajdującej się poza obszarem działania RZGW w Krakowie, w regionie wodnym Małej Wisły - zarządzanym przez RZGW w Gliwicach.

Region wodny Dniestru  na obszarze Polski tworzą zlewnie rzeki Strwiąż, Mszaniec i Lechnawa.

Strwiąż jest prawobrzeżnym dopływem Dniestru i rzeką transgraniczną, przepływającą przez terytorium Polski i Ukrainy.

Czarna Orawa wypływa ze źródła na Żeleźnicy, szczytu w paśmie Orawsko-Podhalańskim, na południowy-wschód od Spytkowic i Bukowińskiego Potoku.